نقشه واکنش ایمنی پپتیدی SARS-CoV-2

تشخيص سرمي عفونت SARS-CoV-2 در اثر واكنش تداخلی ايمونولوژيك کروناويروس­هاي انسانی از جمله SARS-CoV-1، MERS-CoV، OC43، E229، HKU1 و NL63 با محدودیت روبرو است. از اینرو، محققین در مطالعه ه­ا درصدد بر آمدند تا پاسخ­های ایمنی هومورال به پپتیدهای SARSCoV-2 را مورد مطالعه قرار دهند. این پاسخ­های ایمنی می­تواند باعث ایجاد تمایز بین SARS-CoV-2 و سایر کروناويروس­هاي انسانی شود. در این مطالعه، محققین تعدادی نمونه از افرادی که به کروناویروس­های مختلف مبتلا بوده­ اند را جمع ­آوری کرده و با نتایج افراد سالم مقایسه نموده­ اند. نتایج بررسی آماری به روش رگرسیون خطی و مقیاس­گذاری چند بعدی منجر به تشخیص 29 اپی­توپ خطی SARS-CoV-2 گردید که با پلاسمای افرادی که عفونتهای SARS-CoV-2 بدون علامت، خفیف یا شدید داشتند، واکنش ایمنی نشان دادند. در این مطالعه از یک سیستم آرایه ­ای پپتیدی استفاده شده است. آرایه پپتیدی استفاده شده یک ریزآرایه قابل برنامه ­ریزی برای کشف اپی­توپ­ها است که می­تواند تا سه میلیون پپتید خطی مجزا را روی یک اسلاید شیشه­ ای با ابعاد 75 میلی­متر در 26 میلی­متر جای دهد. هر آرایه پپتیدی HCoV به 12 زیرآرایه تقسیم می شود، و هر زیر مجموعه شامل تقریباً 172000  پپتید خطی 12-آمینو اسیدی غیر تکراری است.

    در این مطالعه، پاسخ ایمنی 100 نمونه پلاسمای جمع­ آوری شده در دو مقطع زمانی از 50 بیمار مبتلا که عفونت فعال یا اخیر SARS-CoV-2 آنها توسط qPCR تأیید شده است (گروه­های 1، 2 و 3)، مورد بررسی قرار گرفته است. گروه 4 شامل 11 نمونه از افرادی بود که سابقه عفونت با SARS-CoV-1 را داشته­ اند. گروه 5 نیز شامل نمونه ­های 10 فرد سالم و گروه 6 نیز شامل نمونه ­های 11 بیمار با سابقه عفونت با سایر کروناویروس­های انسانی بودند. گروه­های 4، 5 و 6 به عنوان گروه­های کنترل مورد توجه قرار گرفتند. نمونه­ های پلاسما به مدت نیم ساعت در دمای C˚56 غیرفعال گردیده و با نسبت 1 به 50 رقیق شد. سپس، نمونه ­های پلاسمای آماده شده به آرایه پپتیدی اضافه و با آنتی­ بادی­های IgG و IgM انکوبه شده و در ریزآرایه مورد مطالعه قرار گرفتند.

داده­ های فلوئورسانسی برای تمام پپتیدهای مورد نظر که از تصاویر اسکن شده ریزآرایه برای آنتی ­بادی­های IgG و IgM بدست آمده بوند، برای تمام آرایه های پپتیدی HCoV به واحدهای دلخواه (AU) تبدیل شده و پس از اصلاح پاسخ زمینه  نرمال گردیدند تا از بروز هرگونه تغییرات بین آزمایشی جلوگیری شود. وجود حداقل سه پپتید فعال متوالی در نمونه هایی با عفونت SARS-CoV-2 که در گروه های کنترل غیرفعال بوده­ اند، برای شناسایی اپی­توپ­های فعال در SARS-CoV-2 شناخته شدند. نتایج بررسی ­های نهایی برای آنتی­ بادی IgG بیانگر این بود که 29 اپی­توپ زیر در پلاسمای افراد مبتلا به عفونت SARS-CoV-2 پاسخ ایمنی تولید می­کنند. همچنین، نتایج آنالیزها برای آنتی ­بادی IgM بیانگر این بود که تنها یک اپی­توپ خطی MADSNGTITVEELKKLLEQW در غشاء گلیکوپروتئین وجود داشت که در 19% موارد با نمونه ­های افراد بیمار با شدت بیماری متوسط و در 37% موارد با نمونه­ های افراد بیمار با شدت بیماری شدید، پاسخ ایمنی نشان می­دهد.

اطلاعات بیشتر : www.nature.com/articles/s42003-021-01743-9?fbclid=IwAR3EtmV34dfpQk0mtAVWKl5he1sDmOmXyBudA6OGxt_QjIYWKQ1iAQyPZXU